Choroby roślin powodowane są przez szereg czynników chorobotwórczych. Na szczęście istnieje wiele metod ochrony roślin przed konkretnymi patogenami. 

Wśród ważniejszych metod walki z patogenami jest niszczenie źródła infekcji pierwotnej za pomocą zabiegów agrotechnicznych. W zależności od sytuacji mówimy tutaj o orce głębokiej, podorywce, zakopywaniu, niszczeniu resztek roślin oraz niszczeniu żywicieli pośrednich. Można również ograniczyć kontakt między roślinami a patogenami. Dokonuje się tego na kilka sposobów:

• stosowanie zmianowania (płodozmianu),
• wysiewanie zdrowych nasion,
• stosowanie różnych terminów siewu, sadzenia oraz zbioru (np. śnieć karłowata pszenicy kiełkuje w niższych temperaturach, im później wysiejemy pszenicę tym łatwiej są porażone; nasiona wysiane do ogrzanej gleby, szybciej się rozwijają, są mniej narażone na kontakt z patogenem),
• stosowanie rejonizacji upraw, czyli celowego rozmieszczenia produkcji roślinnej wg konkretnych kryteriów (np. ziemniaki – produkcja na osłoniętym obszarze między lasami, jeziorami, utrudniająca przemieszczanie się wektorów),
• niszczenie chwastów (chwasty powodują zwiększenie zagęszczenia, większą wilgotność w łanie, co powoduje szybszą infekcję, przenoszenie patogenów, a poprzez konkurencję z roślinami uprawnymi – osłabiają je),
• dbanie o higienę pracy (np. mycie narzędzi).

Skutecznym zabiegiem jest również zwiększenie odporność oraz zdolności regeneracyjnych roślin uprawnych. Można to osiągnąć poprzez prawidłowe nawożenie. Silniejsza roślina opiera się patogenowi, a zarażona ma większe zdolności regeneracji.

Natomiast najskuteczniejszą formą walki z patogenami jest jest stosowanie zabiegów chemicznych. Jest to bardzo skuteczny i mało szkodliwy sposób, o ile jest prawidłowo wykonany. Kluczem jest przeprowadzenie zabiegu stosując wyznaczoną dawkę preparatu, we właściwym terminie oraz za pomocą sprawnego, odpowiedniego do tego zadania sprzętu. Fungicydy stosuje się rzecz jasna poprzez opryskiwanie roślin (im mniejsze krople tym lepiej, pokrywają większą powierzchnię i nie zlewają się w większe krople). Opryskiwane powierzchnie powinny być suche. Najlepiej, aby poziom nasłonecznienia nie był zbyt wysoki, bo fungicyd wysycha. Najlepszą porą jest czas przed wieczorem, zanim pojawi się rosa oraz zakończy się oblot pożytecznych owadów.